Quận Watauga là một quận nằm ở tiểu bang Bắc Carolina. Tại thời điểm năm 2000, quận có dân số 42.695 người. Quận lỵ đóng ở Boone. Quận được lập năm 1849 từ khu vực thuộc quận Ashe, quận Caldwell, quận Wilkes, và quận Yancey. Quận được đặt tên theo sông Watauga.
Theo Cục điều tra dân số Hoa Kỳ, quận có tổng diện tích 313 dặm Anh vuông (810 km²), trong đó, 313 dặm Anh vuông (809 km²) là diện tích đất và 0 dặm Anh vuông (1 km²) trong tổng diện tích (0,07%) là diện tích mặt nước. Quận Watauga là một quận núi non, tất cả lãnh thổ nằm trong dãy núi Appalachia. Đỉnh cao nhất quận là đỉnh Calloway.
